5日夜から断続的に降り続いた雨は徐々に降雨量を増やし、市内各地区に大きな被害をもたらしました。倉敷市は、5日の夜に倉敷市対策本部を設置し、6日の午前11時30分ごろ、土砂災害の恐れから、山沿いの地域に「避難準備・高齢者等避難開始」を発令。6日夕方以降に、「数十年に一度しかない重大な災害が迫っている」として、岡山県をはじめ、広島や京都に、大雨特別警報が発令され、玉島と船穂では12の小中学校や公民館に避難所が設けられ、多い時には、合わせて300人以上が避難していました。船穂ではふなおワイナリー東側で土砂くずれが発生し通行止めとなりました。玉島の八島バス停付近ではがけ崩れにより巨木が道路をふさぎ、通行できない状態になりました。また沙美から南浦へ抜ける県道でも土砂崩れが発生し、道路をふさぎました。交通機関にも乱れが生じ、よく7日は山陽本線が始発から終日運休となりました。また、高梁川の支流のひとつ、小田川が氾濫し、真備地域に甚大な被害をもたらしたことから、玉島で真備からの避難者の受け入れも行い、乙島小学校などで住民が炊き出しを行いました。